陈淳一生倾注在朱门理学上，没有参加科举考试。但宋嘉定十年(1217年)的进士榜上，陈淳却赫然有名。这是为什么呢？原来，陈淳的进士功名不是考取的，而是当时一种科举的特招政策，叫“特奏恩”。意思就是因为某人的德、能及某方面的特殊贡献，无需参加科考，由皇上特别恩准授予功名，属于恩科。陈淳就是因为在弘扬朱熹理学及著述等方面的特殊贡献，被授予进士功名“特奏恩迪功郎”。
嘉定十五年(1222)，陈淳被任命为安溪(现厦门)主簿。皇命难违，陈淳也打点行装赴任，却在赴任途中生了病，随后返回家中养病，不料一病不起，竟在第二年四月去世。就是说，陈淳虽有进士功名、有主簿官职，一生却没真正当过一天的官。不知是否由于这个原因，据说陈淳去世前留下遗训：子孙后代不得为官。